Fundamentalmente gastrointestinales (diarrea, hinchazón abdominal, vómitos, dolor de barriga...). No obstante, a diferencia de lo que ocurre con otras intolerancias, en el que el paciente se recupera sin problemas, en la enfermedad celiaca la ingesta de gluten suele dejar huella en forma de daño en la mucosa intestinal. Esta circunstancia puede acarrear desnutrición, deficiencias nutricionales, dificultad en el crecimiento, anemias...