La intolerancia alimentaria se diferencia de la alergia porque se trata de una reacción adversa que afecta al metabolismo, pero no implica al sistema inmunológico. el individuo intolerante es incapaz de digerir un alimento o alguno de sus componentes. Normalmente, la sintomatología es fundamentalmente de tipo gastrointestinal (pinchazos abdominales, hinchazón, dolor de barriga, mala digestión, diarrea...), más leve, pero también más difusa, lo que a veces dificulta el diagnóstico. Mientras el alérgico ha de eliminar el alimento alergénico por completo de su dieta, el intolerante (excepto en el caso de los celiacos) puede consumir pequeñas cantidades del producto que le causa intolerancia. La más frecuente es la intolerancia a la lactosa (el azúcar presente en la leche de vaca).